I have authored a textbook in French about mass spectrometry of biological polymers. That book (640 pp) includes a CDROM with the massXpert software packaged in convenient binary images for Win7, WinXP, MacOSX (the source tarball is available).

The book has now been published in the Tech & Doc series of the Lavoisier publisher may. For orders, please go to here.

NEWS:

The software shipped within the book has some bugs that make some features hard to use. The bugs appeared upon upgrading to a new version of the Qt libraries. A new version of the software fixes all the known bugs and is available here.

Le logiciel fourni avec le livre présente des bogues qui rendent l'emploi de certaines fonctionnalités difficile. Les bogues sont apparus lors d''une mise à jour des librairies Qt. Une nouvelle version du logiciel corrigeant tous les bugs connus est disponible ici.

This is what I have to say about the book. The text below is in French because the reader of the book has to know French anyway.

Ce manuel s'adresse à toute personne désireuse de maîtriser en profondeur les concepts fondateurs de la spectrométrie de masse des trois polymères biologiques : les protéines, les acides nucléiques et les glucides. Seules des connaissances de chimie de niveau Bac+2 sont requises pour entamer l'exploration de ce champ disciplinaire vaste et passionnant. Ce livre a été conçu pour un public allant du technicien supérieur au chercheur novice en spectrométrie de masse.

Ce manuel est un manuel qui prend son temps. Toutes les notions de base sont longuement introduites --- sans idée préconçue de ce que sait ou ne sait pas déjà le lecteur --- afin de constituer un socle solide sur lequel élaborer des concepts plus avancés. La structure de cet ouvrage témoigne du caractère progressif de l'exposé, avec les trois grandes parties décrites ci-dessous :

• Partie I : la spectrométrie de masse est décrite en tant que champ disciplinaire en soi. Le lecteur y apprendra tout d'abord ce qu'est un spectre de masse et comment il doit être lu et interprété. Cela requiert en tout premier lieu de bien définir les entités chimiques de base sur lesquelles l'on travaille : les éléments chimiques, les atomes, les isotopes. De là, on peut définir les différents types de masses que l'on peut mesurer en fonction des instruments et des analytes eux-mêmes. Ensuite, les différents types d'instruments disponibles sur le marché sont passés en revue avec des descriptions pédagogiques et détaillées du fonctionnement des deux premiers modules d'un spectromètre de masse : la source d'ions et l'analyseur ;
• Partie II : La spectrométrie de masse des trois grands polymères biologiques est décrite de manière à introduire progressivement les concepts les plus élaborés. Un premier chapitre s'intéresse aux grandes méthodes de purification et de séparation des polymères biologiques. Les chapitres suivants s'y référeront continuellement, car une analyse par spectrométrie de masse ne peut se révéler utile que si la préparation de l'échantillon est dès le départ incluse dans tout le processus analytique. Chaque biopolymère est traité dans un chapitre différent, dont l'organisation est toujours similaire : d'abord, les éléments de base du polymère (les "briques moléculaires") sont décrits en insistant sur les particularités structurales et physico-chimiques qui distinguent chaque polymère des deux autres. Une section sur la séparation et la purification des analytes détaille les techniques et les méthodes les plus appropriées dans le contexte d'une analyse par spectrométrie de masse. Enfin, la section sur la spectrométrie de masse décrit dans le détail la chimie en phase gazeuse de chaque polymère. Les fragmentations en phase gazeuse sont décrites avec un soin particulier, car aucune analyse par spectrométrie de masse sérieuse ne peut être menée sans sonder la structure de l'analyte par fragmentation. Des tableaux synoptiques permettent de rapidement calculer la masse des différents fragments attendus pour chaque polymère biologique étudié. Enfin, des cas pratiques d'analyse de biopolymères tirés de la littérature sont disséqués afin d'illustrer l'apport de la spectrométrie de masse comme outil de biologie structurale. Le lecteur est accompagné pas à pas dans le calcul de la masse des espèces moléculaires étudiées dans les articles analysés;
• Partie III : Le manuel de l'utilisateur du logiciel massXpert inclus dans cet ouvrage sous forme d'une distribution sur CDROM permet à l'utilisateur d'en apprendre le maniement. Nombre de calculs de masses et de simulations décrits dans cet ouvrage ont été mis en oeuvre par usage du logiciel massXpert. Il s'agit d'un environnement logiciel graphique hautement sophistiqué dans lequel l'utilisateur peut définir tout type de chimie de polymère afin de s'en servir pour modéliser des réactions de biochimie et des analyses par spectrométrie de masse. massXpert s'exécute sur toutes les plateformes informatiques courantes : GNU/Linux, MacOSX, MS-Windows et bon nombre de systèmes UNIX. Ce manuel détaille les nombreuses fonctionnalités du logiciel massXpert et décrit les méthodes destinées à en étendre l'emploi à de tout nouveaux types de polymère entièrement définis par l'utilisateur. Le logiciel est livré avec les définitions de chimie de polymère relatives aux protéines, aux glucides et aux acides nucléiques. Un exemple d'extension du logiciel est fourni, où l'on ajoute une définition de chimie de polymère pour une variante synthétique d'acide nucléique : l'ARN 2'-O-méthyl.